بالطبع تختلف كل محطة تحلية مياه عن الآخرى في التصميم و المعالجة الإبتدائية للمياه , فهناك محطات تحتاج المياه بها الى فلاتر الرمل و الكربون و محطات أخرى لا تحتاج سوى فلتر القرص أو غيرها من أنواع الفلاتر
و لكن في النهاية تبقى تعليمات التشغيل واحدة في كل الأحوال

يجب تشغيل الآبار على الصرف لبفتره للتأكد من خلو المياه من العكارة الكبيرة التي تخرج من بداية تشغيل الآبار و مراقبة شدة تيار الآبار و ضغط المياه الخارجة منها و التأكد من عمل خطوط الصرف

التأكد من فتح كل محابس الهواء و خروج الهواء من النظام بالكامل ( خطوط مياه – فلاتر – طلمبة – الأغشية )

متابعة قيمة الضغط عند دخول و خروج الفلاتر و الطلمبات و الأغشية و كذلك متابعة كمية تصريف المياه سواء الداخلة أو المنتجة أو المركزة و ملاحظة كمية الأملاح و درجة حرارة المياه

التأكد من عمل مروحة المحرك و تبريد الطلمبات و الإبلاغ عن أي ارتفاع درجة حرارة كما أنه من الأفضل ملاحظة صوت المحرك و الطلمبة و التربو و الفلاتر و الأغشية و الإبلاغ عن أي اختلاف في أصوات التشغيل المعتادة و إيقاف المحطة إن لزم الأمر

التأكد من ملئ خزان الغسيل و الشطف بالمياه الخالية من الكلور بعد تشغيل المحطة

متابعة مستوى خزان الكيماويات و التأكد من عمل طلمبات الحقن و أخذ الهواء من خطوط السحب و الطرد و مراعات تزويد الكيماويات في مواعيدها بأنتظام و تنظيف الخزانات

التأكد من فتح محبس طلمبة الغسيل اثناء شطف المحطة و التأكد من غلقه بعد إتمام العملية

التأكد من إيقاف محطة الضغط العالي و غلق محابس الدخول و تحويل آبار الصرف عن إيقاف تشغيل المحطة

متابعة قيمة الجهد الكهربائي و سرعة تيار محركة طلمبة الضغط العالي و تيار محركات طلمبات الآبار و التغذية

يتم إيقاف المحطة دورياً كل 72 ساعةلعمل شطف الأملاح و غسيل الفلاتر بمياه خزان الغسيل لأنها خالية من الكلور

يجب الإهتمام بنظافة المحطة يومياً و تنظيف الاملاح و الأتربة و الصدأ المترسب من أي مكان في المحطة